Начиная с 2005 года государство, наряду с общим увеличением финансирования бюджетной сферы, развернуло несколько крупных программ поддержки ведущих вузов, которые не просто поставили университеты в финансовую зависимость от государства, но и подорвали их автономию. В 2005-2006 гг. были созданы Южный и Сибирский федеральные университеты в Ростове-на-Дону и Красноярске, которые получили очень большие финансовые средства. При этом расходы новых учебных заведений контролировались довольно слабо. Одновременно с этим правительство запустило программу поддержки инновационных образовательных программ в университетах, в которую сначала вошли 17 вузов, а через год еще 40. Еще до окончания инновационных образовательных программ обсуждалась идея создания национальных исследовательских университетов, первая когорта которых была создана в 2009 году, а вторая – в 2010-ом. Примерно в это же время, в 2009-2010 гг., были созданы еще семь федеральных университетов. В 2013 году была запущена программа под названием «5-100», целью которой было повышение позиций российских университетов в международных рейтингах.
В результате этих преобразований среди российских университетов выделилась группа из примерно 30 ведущих вузов, что составляло около 5% всех государственных университетов в России. Эти вузы участвовали в нескольких программах одновременно и именно на них уходила существенная часть государственного финансирования высшего образования. Программы поддержки ведущих вузов вместе с увеличившимся финансированием обучения студентов-бюджетников перевернули модель финансирования: если до середины 2000-х гг. ведущие университеты зарабатывали в основном на платниках, то, начиная со второй половины десятилетия, их основной статьей дохода стало государственное финансирование. Это позволило ведущим вузам защитить себя от последствий демографической ямы, в которую университеты попали после 2005 года. Вследствие резкого сокращения рождаемости в России в 1987-1993 гг. количество семнадцатилетних, т.е. потенциальных студентов, упало в 2005-2010 гг. почти в два раза, и возможности университетов заработать на рынке образовательных услуг резко сократились.
Программы поддержки имели не только экономические, но и политические последствия. Во-первых, они разрушили единство интересов администраций разных вузов во взаимодействии с государством. У самых сильных университетов, включенных в программы поддержки, появились стимулы подчеркивать свое отличие от менее продвинутых конкурентов и целесообразность институциональной поддержки флагманов. В то же время, сами флагманы были поставлены в ситуацию постоянной конкуренции за бюджетные ресурсы между собой и с другими университетами, которые дышат им в спину и готовы немедленно занять их место, если кто-то из флагманов оступится.
Во-вторых, благие публичные цели программ поддержки прикрыли другие преобразования, которые сильно ослабили автономию университетов от государства. Главным компонентом этой стратегии разрушения университетской автономии была фактическая отмена выборности ректоров. В мае 2006 года Госдума приняла поправки к закону «Об образовании», которые меняли процедуру выборов ректоров государственных университетов. До принятия поправок ректоры выбирались ученым советом университета и утверждались Министерством образования. У Министерства было право вето, но ученый совет университета мог преодолеть его двумя третями голосов. После принятия поправок правительство начало утверждать не выбранных ректоров, а кандидатов на должность ректора, что давало возможность исключить неугодных кандидатов еще до голосования. В июне 2006 года Путин лично посетил съезд Союза ректоров, чтобы напомнить его участникам о том, что государство начало вкладывать в университеты большие деньги и поэтому имеет полное право спрашивать с ректоров результаты, вплоть до увольнения. В 2009 году была принята еще одна поправка к закону, которая делала ректоров федеральных университетов назначаемыми напрямую правительством. В этом же году МГУ и СПбГУ получили особый статус, предполагавший, что ректоры этих университетов назначаются лично Президентом России.
Еще одним способом ослабить университетскую автономию было уменьшение количества выборных должностей внутри университетов. Две программы поддержки — федеральные и национальные исследовательские университеты — предполагали изменение уставов университетов, во многие из которых была вписана возможность создания институтов или школ во главе с директорами, назначаемыми ректором, вместо факультетов с выборными деканами. Многие университеты после такого преобразования начали создавать институты, иногда путем объединения нескольких факультетов. В разных университетах эти изменения шли с разной степенью интенсивности, но общий тренд на сокращение выборности просматривался явно. Кроме выборности ректоров и деканов университетскую автономию ослабляли и другие важные нововведения рыночных принципов в отношения между преподавателями, администрациями университетов и государством. Например, подушевое финансирование увеличило зависимость университетского бюджета от демографических трендов, а широкое применение одногодичных контрактов для преподавателей, предположительно стимулирующее их работать более продуктивно, существенно сократило их гарантии занятости.
Можно долго спорить о том, каковы были причины введения программ поддержки ведущих вузов и их результаты, и о том, помогли ли они развитию российской науки и высшего образования. Люди, принимавшие решение о запуске программ поддержки, думали в первую очередь о нейтрализации студенческого активизма, т.к. события в Сербии, Грузии и Украине в первой половине 2000-х гг. ярко продемонстрировали его потенциал. Однако даже если предположить, что эти программы были запущены с самыми благими намерениями, трудно спорить с тем, что они красиво и технично ослабили российские университеты как политических акторов.
Авторитарным лидерам, как правило, тяжело иметь дело с университетами. Университеты обладают символическим капиталом, т.е. уважением в обществе. Они концентрируют в себе критически мыслящих и часто свободолюбивых людей. В них собираются студенты, у которых пока нет детей и ипотек. Нейтрализация таких организаций, особенно если они консолидированы в одно сообщество, — это нетривиальная задача для автократа. Путин в середине 2000-х гг. сумел переструктурировать экономические и политические стимулы для администраций университетов, и именно поэтому мы видим, как университетские руководители изо всех сил дистанцируются от политической активности студентов.